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Mega Man X7 é o sétimo jogo da franquia Mega Man X, e o primeiro a apresentar visão em 3D.

Naquele tempo, X, cansado de tantos conflitos contra os Mavericks, decidiu tomar uma decisão. X resolveu se retirar do grupo e trabalhar ao lado de Signas e Alia em busca de soluções mais pacíficas. Contudo, essa aposentadoria deixou os Maverick Hunters bastante enfraquecidos.

O sindicato Red Alert é um novo grupo de Reploids, similar à Repliforce, mas consistindo num grupo de vigilantes. Eles objetivam perseguir Mavericks, assim como os Maverick Hunters, mas, aparentemente, fazem muito mais que isso. Um de seus membros, Axl, decidiu que havia visto a agressividade deles mais do que o suficiente. Então tentou deixar a equipe. Infelizmente, o líder deles, Red , não aceitou muito bem essa idéia e o queria de volta.

Quando Axl encontra a base Maverick Hunter depois de esbarrar com Zero, Red decidiu que isso significa guerra e lançou um desafio aos Maverick Hunters–ele iria libertar alguns Mavericks que mantinha cativos, e o grupo que derrotasse os quais poderia ficar com Axl. Obviamente, Sigma se meteu na história.